Un eje crítico del programa ha sido el acompañamiento a los grupos y organizaciones en el fortalecimiento de sus capacidades. El 100% de las iniciativas apoyadas por el PPD han incluido acciones para el fortalecimiento de aspectos estratégicos a nivel de las organizaciones. Eso significa que, más allá de las inversiones efectivas, las personas participantes, y principalmente grupos beneficiarios, han recibido este importante acompañamiento. Por medio de la inversión histórica de $1,316,541.45, se han llevado a cabo 6880 talleres de capacitación, 44 redes y estructuras organizativas consolidadas; el programa promueve este eje crítico lo que favorece la sostenibilidad de las iniciativas en el tiempo, así como la articulación de diferentes sectores sociales. El presupuesto asignado para este rubro ha derivado en talleres de capacitación, la promoción de la educación ambiental, la concienciación en las comunidades y la asistencia técnica para estudios específicos. Del mismo modo, incentiva el intercambio de experiencias entre pares, generación de estudios y documentos en temas específicos, seminarios y el escalamiento con otras iniciativas provenientes tanto de empresas privadas como ONG. Algunos resultados de los trabajos alineados a este eje son se pueden encontrar en el fortalecimiento de organizaciones de la sociedad civil y de los grupos socios en diferentes áreas temáticas, así como el acceso al mercado para la comercialización de bienes y servicio. Se brinda acompañamiento en la promulgación de leyes a favor de la conservación de la biodiversidad, el turismo rural, la agricultura orgánica y el mejoramiento de las condiciones de vida o la generación de espacios de concertación, entre otras áreas.