Comité Directivo Nacional (CDN) establece el plan y las políticas operacionales a nivel de país. Todos sus miembros sirven voluntariamente y sin compensación financiera. Según los procedimientos del Programa de Pequeñas Donaciones (PPD), la mayoría de los miembros son del sector no gubernamental. De esta manera, se busca que las organizaciones de la sociedad civil compartan la toma de decisiones y se establezca un mecanismo de confianza y de colaboración constructiva entre la sociedad civil y el gobierno.
Entre las actividades más importantes y visibles que realiza el Comité esta el análisis y aprobación de propuestas de proyectos para ser financiadas por el PPD durante cada fase operativa. La duración en el cargo de cada miembro es por el periodo de ejecución de la fase operativa según lo estipulado en el Documento de Proyecto. En el caso de que un miembro falle en cumplir un período por renuncia al cargo, un nuevo miembro deberá ser nombrado por el Representante Residente del PNUD en consulta con el Coordinador Nacional, también puede considerarse el servicio y compromiso de un miembro para con el Programa para poder ser nombrados nuevamente hasta un máximo de dos periodos de tres años cada uno.
En la Séptima Fase Operativa del PPD Costa Rica (2020-2024) el Comité Directivo Nacional esta compuesto de la siguiente manera:
Fernando Mojica y Carlos Barboza
Representantes de la Comisión Nacional sobre Degradación de Tierras (CADETI)
Enid Chaverri y Patricia Bolaños
Representantes del Departamento de Cooperación Internacional del MINAE
Jose Vicente Troya y Kifah Sasa
Representante Residente del PNUD y Oficial de Programa de Desarrollo Sostenible del Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD)
Yalily Céspedes y Nazareth Porras
Departamento de Cooperación Internacional del Ministerio de Planificación (MIDEPLAN)
Ligia Marchena y Gabriel Rodríguez Benavides
Corporación Educativa para el Desarrollo Costarricense (CEDECO)
Cámara de Mujeres Rurales
Yahayra Sibaja y (Elsa) Natalia Artavia
Representantes de Cámara de Mujeres Rurales
Aitor Llodio y Daniela Blanco Alvarado
Representantes de Fundación para la Sostenibilidad y la Equidad (ALIARSE)